Según Pérez de Sevilla en 1543 la bahía no contaba con ninguna defensa. La primera fue el castillo de Puntales. A lo largo de la Edad Moderna la zona de extramuros, que iba desde el Frente de Tierra hasta la fortificación de Torregorda, no quedó libre de estas construcciones. Durante el siglo XVIII se mandaron fortificar pequeñas baterías semicirculares que miraban hacia la bahía y que estarían situadas de la siguiente manera:
La de la playa de Santa María, tras el corral de Alejo. Era conocida en estos años como Playa de los Corrales por los antiguos corrales de pesca encontrados durante excavaciones realizadas en la primera mitad del siglo XX.
La del Romano, a unos 600 metros del baluarte de Santa Elena, frente al corral de la Vaca. Se situaba en la conocida como playa de la Bahía o del norte y su nombre seguramente provenía del pozo que allí se encontraba llamado del Romano. Este emplazamiento es conocido también como Punta de las Vacas.
La de la Aguada del Valenciano
Por último a unos 600 metros del castillo de Puntales dos pequeños fuertes defendían la entrada desde la Isla. Se les conocía como los Castillejos y en un futuro se construiría en dicho emplazamiento el fuerte de la Cortadura.
Tras la derrota de Trafalgar y el bloqueo marítimo inglés, estas baterías estaban bien pertrechadas y artilladas, por lo que al comienzo de la batalla contra los franceses estaban preparadas para su funcionamiento. En estos años Extramuros cobra importancia ante el temor de un posible ataque e invasión francés. Las defensas fueron reforzadas. En estos años ya se habían construido las baterías de Rota, el castillo de Santa Catalina en El Puerto de Santa María y el de Matagorda.
En algunas fuentes se habla de pequeñas baterías de uso temporal, de las que no existen restos.