El Real Hospital de la Segunda Aguada se fundó en 1793 por la Armada Española. Estuvo mucho tiempo en uso debido a las epidemias de peste amarilla. La última fue la de cólera morbo en 1854.
Durante la batalla de Trafalgar y la Guerra de la Independencia se convirtió en hospital-prisión para acoger a los prisioneros franceses y curar sus heridas, incluso llegó a emplear a algunos como médicos.
Basamento de piedra ostionera sobre los que descansaban los sillares que daban soporte a las cubiertas del Hospital de la Segunda Aguada
Los franceses comenzaron a ocupar toda la península sin dificultad en los primeros meses hasta que Dupont se vio obligado a dirigirse al sur, ya que la flota francesa al mando del Almirante Rosilly se encontraba bloqueada en la Bahía de Cádiz sufriendo la presión de la escuadra española, apoyada por la inglesa, bajo el gobierno de Moreno y Ruiz de Apodaca.
La inferioridad marítima francesa causó muchos prisioneros. La mayoría estaban heridos y fueron atendidos en los hospitales gaditanos. El Hospital de la Segunda Aguada se convirtió en vital. Debido al elevado número de prisioneros enfermos que se trasladan desde los pontones hasta él, se propone construir un hospital provisional en el cuartel de San Carlos para ayudar a paliar las carencias en cuanto al número de camas.
El nosocomio de la Segunda Aguada, contaba con 740 camas y atendió a un total de 2.140 franceses.
Nosocomio, del latín nosocomium, significa hospital.
La fiebre amarilla había remitido en 1808 y apenas había causado daños pero reaparece en 1809. Las autoridades temían que la aglomeración de pacientes en el Hospital de la Aguada tuviera fatales consecuencias. El gobierno gaditano y las autoridades sanitarias ponen todos los medios para evitar que la epidemia vuelva a dañar la ciudad ante la proximidad de los franceses. A finales de 1809 la epidemia de nuevo ha remitido y sus consecuencias tampoco han sido graves aunque los fallecidos en el Hospital de la Segunda Aguada ascienden a 207.
Pese a la posibilidad de que la situación se complicara, las autoridades deciden que el hospital de la Segunda Aguada deje de prestar servicio debido al pequeño número de enfermos que está tratando. Se sugiere trasladar a los ingresados al hospital de San Carlos para conseguir que todos los prisioneros enfermos estén en un único edificio.
Las autoridades pretenden quedarse con el hospital en previsión de un posible brote de fiebre amarilla. Bajo prescripción del intendente del departamento marítimo, deciden continuar disponiendo del edificio ante esa posibilidad. También proponen las autoridades sanitarias que, caso de no ser utilizado como centro sanitario, la Marina podría emplear el edificio para guardar pertrechos.
Tras el traslado de los presos franceses, el uso del hospital se interrumpe. Aunque la Junta de Sanidad gaditana continuó arrendando la finca, el hospital no se volvió a utilizar hasta el nuevo brote de fiebre amarilla en 1814.
Hacia 1819 la gestión del hospital fue compartida por la Armada y el ayuntamiento, que finalmente se hizo cargo de él hasta que la familia Coma arrendó el edificio en 1854 para dedicarlo a bodega.
A partir de este momento y hasta la década de los setenta del siglo XX, esta zona tuvo un fuerte impulso comercial bodeguero. Junto a ella se ubicaba el muelle de las Bodegas Lacave. Estaría enclavado aproximadamente donde está la actual calle Medina Sidonia. La playa de la Segunda Aguada llegaba hasta la actual avenida Lacave y era conocida como "Playa de la Aguá".