Ha sido lugar de asentamientos humanos en épocas fenicia, romana, medieval y moderna.
La auténtica relevancia del sitio se aprecia en el mapa fotografiado donde aún se encontraban separadas del continente las dos grandes islas gaditanas: Kotinoussa y Antípolis. Aquí podemos ver como el Cerro del Castillo era un enclave costero y de ahí los restos fenicios hallados en el lugar.
Es un paisaje transformado con el paso de los siglos por los asentamientos en el fondo de lodos procedentes del río Guadalete y aportes de arena desde el océano.
Está documentado en las crónicas de la Casa de Medina-Sidonia que en el año 1303 la entonces aldea de Chiclana y sus tierras "despobladas y yermas" fueron donadas por el rey castellano Fernando IV a Alonso Pérez de Guzmán, “Guzmán el Bueno”, como recompensa por su resistencia heroica de la plaza de Tarifa y con la condición de que repoblase la zona y levantase allí un castillo, entonces en la línea fronteriza entre los reinos cristianos y musulmaness. Una de las razones para que la repoblación no se hubiera iniciado antes era la desprotección ante posibles ataques enemigos.
El castillo se levantó Chiclana sobre una de las dos colinas de la localidad a una cota de 29 metros. Se denominó "del Lirio" y dominaba el cauce del río Iro, que era navegable entonces hasta la actual alameda del Río en el centro de la población. Una imagen actual no resulta significativa sobre todo en momentos de bajamar, ya que el nivel depende de las entradas y salidas de agua desde el caño Sancti Petri. Además de esto su caudal puede incrementarse rápidamente por fuertes lluvias que en las tierras entre Chiclana y Medina, las cuales han provocado en ocasiones riadas con cuantiosos daños para la población.
Según algunos autores el nombre procedería de la presencia fenicia y por eso se denominaría Tiro, en homenaje a la ciudad. También se sugiere que el nombre del río "Yro" vendría del anterior y de ahí el del castillo derivaría hacia Liro y después hasta Lirio. La edificación del castillo del Lirio y su posterior barbacana, así como varias fortificaciones en la costa con torres-vigías fue una gran aportación para la evolución de la aldea hacia ciudad.
Embarcaciones típicas de ríos como falúas y pequeñas barcas se dedicaban al transporte de mercancías y pasajeros. En 1675 el número de embarcaciones en la villa era de 57. Existe documentación de 1577 en la que llega a Chiclana Luis Bravo, comisionado de Felipe II para describir las defensas de la cosa occidental andaluza. En su informe destaca la desprotección de la villa, sin muralla y sólo con una torre llamada Castillo del Lirio aconsejando la instalación de una pieza de artillería en ella para avisar a la población ante una posible incursión enemiga.
Falúa es una embarcación ligera, alargada y estrecha que se utilizaba en los puertos y ríos.
Fue derribado en 1813 tras la marcha de las tropas francesas. En su lugar hoy se levanta el Colegio Público "El Castillo”.
El lugar no permite a simple vista ninguna referencia histórica, ya que está totalmente urbanizado. Las investigaciones han de basarse en hallazgos ocasionales al realizar algunas obras. Además toda la ladera del cerro ha sido reforzada para afianzarla, habiendo construido el ayuntamiento una moderna torre con ascensor.