Las líneas de asedio francesas hacia La Isla se encontraban en terreno desfavorable ya que el caño de Sancti Petri junto con las marismas y salinas constituyen un auténtico foso defensivo. El caño estaba protegido por las fortificaciones y baterías que forman las líneas de defensa descritas y que reunían más tropas entre los sitiados que entre los sitiadores. Por la bahía los franceses ocupaban la costa con emplazamientos desde Rota hasta la orilla chiclanera del caño de Sancti Petri.
Al verse incapaz de entrar en La Isla de León y Cádiz, el mariscal francés Victor no tuvo otra opción que bombardear Cádiz para forzar la rendición así que se inició un intenso bombardeo desde el castillo de Matagorda y el de Santa Catalina.
El general Didon había hecho construir en la Real Fábrica de Artillería de Sevilla dos morteros de 12 pulgadas de recámara esférica para el sitio con un alcance que llegaba a 1.900 toesas (3,7 km), que no eran suficientes para alcanzar Cádiz desde Puerto Real.
Posteriormente, Napoleón ordenó construir en la misma fábrica de Sevilla ocho obuses, diseñados por el coronel Piere-Laurent de Villantroys de 8 pulgadas con un ángulo de lanzamiento de 44º que alcanzaban 2.000 toesas (3,9 km). La llegada de estos morteros Villantroys dio esperanzas a los franceses de que el bombardeo a Cádiz se llevaría a cabo con una eficacia hasta entonces desconocida.
Tras la retirada de los franceses dos de estos morteros, llamados respectivamente “Rey de Roma” y “Mortier”, fueron regalados a Inglaterra en señal de agradecimiento a su ayuda durante el sitio de Cádiz.
Esta innovación tecnológica aumentó el alcance de los proyectiles pero éstos explosionaban su carga antes de alcanzar su objetivo por carecer el mixto de una espoleta con la duración necesaria. El general Ruty modificó en Sevilla el diseño de Villantroys fundiendo obuses de 10 pulgadas y mayor longitud, con lo que consiguió mayor velocidad inicial y un alcance de 2.400 toesas (4,6 km). Sin embargo persistía el defecto en la composición del mixto y la mayoría de las bombas estallaban demasiado pronto. Lograron aumentar el alcance rellenando los proyectiles con plomo, convirtiéndolos en sólidos y causando solamente daños fácilmente reparables.
De los cientos de bombas lanzadas sobre la ciudad, apenas unas pocas cayeron sobre sus objetivos aunque las que impactaron provocaron destrozos. Muchos vecinos del barrio de Santa María dejaron de dormir en sus casas pues corrían el riesgo de que les cayera un proyectil encima en plena noche. Zonas como el Mentidero se convirtieron en grandes dormitorios al aire libre donde dormían familias enteras cuando hacía buen tiempo.
Una vez frenado el avance de las tropas imperiales el Duque de Alburquerque nombró el 6 de marzo de 1810 a Diego de Alvear Gobernador Político y Militar de La Isla de León. Diego pasaba a ser el máximo responsable de la gobernación militar, la gestión del funcionamiento administrativo, abastos, sanidad y demás tareas de orden civil necesarias para el correcto funcionamiento de La Isla.