Durante la dominación musulmana existió en un ribat para control de la costa, ocupado por guerreros consagrados a la guerra santa. Estaría compuesto por mezquita y cuartel monacal con recinto amurallado en torno a la población. Al crecer la población se construyó un cerramiento mayor con un frente de tierra con dos puertas: la de Jerez y la de Chipiona. Hacia el mar aprovechaba los límites naturales de la costa acantilada.
Una vez conquistada por los cristianos, el ribat fue reconstruido como castillo por Alonso Pérez de Guzmán. El castillo de Luna (sede actual del ayuntamiento) no se incluye como construcción defensiva o de asedio durante el siglo XIX, ya que se usó de cárcel de prisioneros franceses y fue ocupado por éstos entre 1810 y 1811.
Tanto el castillo como las murallas se artillaron tras el ataque de 1702, construyéndose las baterías: Concepción, de la O y Culebrina. Hasta ese momento sólo contaba con su muralla medieval semiderruida, la torre artillada del castillo (de escasa utilidad) y quizá alguna pequeña batería construida sobre la muralla a finales del XVI o comienzos del XVII.
Los arrabales quedaban obviamente fuera de su protección.
Al igual que El Puerto de Santa María y Puerto Real, Rota sufrió las consecuencias económicas y demográficas de la ocupación francesa durante años.